对我们来说很不幸，但对某些细菌来说很幸运，在不利的环境条件下会形成孢子。在干燥环境中通常是这种情况。细菌孢子被称为内生孢子，因为它们实际上是在细菌细胞内形成的。内生孢子细菌可以在许多恶劣条件下生存，例如加热，干燥，辐射和化学药品。其他生物体形成孢子，但是细菌孢子通常更耐热并且不易变性。更大的耐热性隐藏在内生孢子的结构中。参见下图。
请注意外孢子及其由蛋白质组成的精致薄膜。它的内部是孢子皮，它由一层独特的蛋白质层组成。下一层称为皮层，其中包含松散连接的肽聚糖（糖蛋白），其中含有另一个称为二吡啶甲酸（DPA）的分子。DPA具有与孢子皮层中嵌入的钙交联的能力。钙交联有助于细菌的耐热性，从而使硬屏障得以穿透。请注意，细菌位于内生孢子的中心。内生孢子很难杀死细菌。
内毒素是在革兰氏阴性细胞壁中常见的分子。这些分子旨在保护细菌免受各种威胁。一旦细菌死亡，它就会将这些内毒素释放到周围，因为它们的细胞壁已被破坏。这些分子对人类和动物以及其他生物有毒（有毒）。内毒素只有在细菌死亡后才有害。这些有毒分子可引起腹泻，呕吐，发烧和炎症反应。许多内毒素都是脂多糖（LPS）形式，但是还有其他分子类型。可以通过干热和湿热杀死内毒素。
外毒素不同于内毒素。外毒素实际上是细菌分泌的。与内毒素细菌不同，当外毒素细菌存活时，其存在会给宿主带来麻烦。外毒素细菌在溶解时也会释放内源性外毒素。大多数外毒素可以通过加热而失活。一种外毒素的例子是肉毒梭菌产生的肉毒杆菌毒素。
热原是引起发烧的分子。常见的热原是由细菌产生的，并以内毒素和外毒素的形式出现。请记住，动物也会产生热原，但这是另一回事。人们会认为灭菌会消除这些细菌毒素，因为细菌已被破坏。不必要。在灭菌过程中，细菌被破坏，但是会释放出内源性外毒素和内毒素。确保您使用了适当的温度和时间使细菌不仅灭活，还使它们的毒素失活。在为实验室购买产品时，需要注意包装上的说明。某些产品可能被列为无菌，无菌和无热原或无热原但不是无菌的。无菌本身并不意味着无热原。
